Попытаюсь ответить.
Сразу прошу уточнений - товары проданные оплачены по безналу? Т.е. физлицо оплатил либо банковской картой либо переводом со своего счёта на расчётный счёт организации?

Вы только не смотрите на себя в зеркало – ослепнете (с)

¦Признана выручка от реализации товаров Д62.01 (или Д62Р) К90.01.2

¦Списана фактическая себестоимость реализованных товаров Д90.02.2 К41.02 (или К41.01)

¦Получена оплата от покупателей за реализованные товары Д51 К62.01 (или К62Р)

Ты можешь в 1С использовать счёт 41.02 сразу при поступлении товаров от поставщиков (специально для розницы) либо использовать 41.01, но с выделением отдельного склада (название придумаешь сама). Во втором случае под каждую реализацию в розницу сначала делается операция "Перемещение товаров". Можно "Перемещение товаров" делать на основании нужного тебе "Поступления товаров и услуг", прямо находясь в этом поступлении - кнопка "Действия" - "На основании" - выбираешь "Перемещение товаров" - далее в появившемся "Перемещении" делаешь то, что тебе нужно (номенклатура, количество, склад откуда-куда ...). Нужно там же отрегулировать "входной" НДС по товарам, которые ты, вероятно, покупала с НДС (на 19-й счет), а теперь должна продавать без НДС (т.к. ЕНВД). В этом случае выбираешь "Включить" в окне "НДС в стоимости товаров". У тебя получится, что с 19-го счета в Д41 спишется именно тот кусочек НДС, который относится к данным товарам. (Дополнение - Декларацию по НДС уточнённую подавать не надо будет, если товар закуплен предыдущим кварталом, и НДС по нему уже предъявлен в бюджет к возмещению, так как эта операция (по Перемещению в розницу с последующей реализацией) пройдёт в Декларации текущего квартала по строке 090 Раздела 3). По "входному" НДС, который ты включила в стоимость продаваемых товаров, надо будет в конце квартала сделать восстановление НДС (в книге продаж - вкладка "Восстановление по другим операциям" заполнится сама при нажатии кнопки "Заполнить" на этой вкладке), кстати, именно тогда и попадёт сумма правильно в Декларацию по НДС.
Очень удобно делать "Реализацию товаров" на основании либо "Поступления товаров", либо "Перемещения товаров". Из "Поступления" - так же как и "Перемещение" (см. выше), а вот из "Перемещения" немножко по-другому: находясь в новой "Реализации" нажимаешь кнопку "Изменить" в шапке таблицы - Добавить из документа - справа выбираешь сначала Вид документа, например, Перемещение товаров, потом из списка Перемещений путем "Подбора" выбираешь нужное тебе Перемещение - затем кнопка "Выполнить" - появятся строчки с номенклатурой, тут же ты можешь менять количество, цену и пр. Потом "Установить флажки" в требуемых строках - далее ОК. Имеем "нарядную" )) реализацию.
Ещё что забыла? Банковскую выписку формируется из входящих платежей, ИМХО, ты и сама это знаешь. Значит, что - надо правильно завести платежки входящие или как у вас м.б. принято платежные ордера на поступление денежных средств. Их опять же можно заводить на основании "Реализации" (кнопка "Действие" - "На основании" (или "Изменить документ-основание")). Если по банковским картам, то надо в "Операции" выбрать вид "Поступление от продаж по пластиковым картам и кредитам".
Вообще в платежках (и Исходящих, и Входящих) есть заветная кнопка "Список" в верхней строке ... Но об этом потом, отдельно. Если понадобится ))).

Танюш, я не уверена, что ответила на вопрос полностью, потому что не знаю, какие именно "примочки" тебе нужны. Задавай конкретные вопросы - уточнения. С удовольствием буду делиться опытом и пиарить 1С:8.0, потому как считаю её очень мобильной и подстраиваемой под каждую бухгалтерию.

А чтобы при одних и тех же операциях (которых много в периоде) - перемещения, реализации, требования-накладные ... не "забивать" проводки и корреспонденцию счетов вручную, есть свои дополнительные установки в программе. Могу опять же научить ... Если надо.

Вы только не смотрите на себя в зеркало – ослепнете (с)

Справка -
Документ "Отражение начисления НДС" для регистрации начисления НДС. Документ используется для корректировки данных учета НДС, отраженных первичными документами, отражения начисления при упрощенном учете НДС (в неавтоматизированных ситуациях) и в случаях, когда учет реализации ведется ручными операциями.
В реквизите формы "Документ расчетов" выбирается документ, отразивший реализацию в бухгалтерском учете. При выборе пункта подменю "Заполнить", табличная часть автоматически заполняется на основании документа расчетов.
Для отражения поступления, как товаров, так и услуг используется одна табличная часть.
При проведении документа формируются соответствующие записи в регистрах подсистемы учета НДС. Если в документе установлен флаг "Использовать как запись книги покупок", то при проведении документа формируются записи книги продаж (регистр «НДС Продажи»). При упрощенном учете НДС флаг устанавливается автоматически.
Флаг "Формировать проводки" включает отражение проводок по начислению НДС в бухгалтерском учете.
В ситуации, когда документ используется для корректировки движений документа расчетов, требуется установить флаг "Использовать документ расчетов как счет-фактуру" на закладке "Счет-фактура"
Для документа можно ввести счет-фактуру выданный. Если установлен флаг "Использовать документ расчетов как счет-фактуру" это будет счет-фактура документа расчетов.
На закладке "Документы оплаты" могут быть указаны данные по оплате счета-фактуры.

Вы только не смотрите на себя в зеркало – ослепнете (с)

Т.е. получается, что у вас ДОЛЖЕН быть количественный учёт номенклатуры, пусть она и групповая "Медикаменты", значит и поступления и реализации делаются в количественном выражении, а следовательно, можно отказаться от ручных операций и вести всё в автоматическом режиме, как я тебе и советую. Попробуй, намного легче будет, хотя поначалу может и не сразу разберешься, но ты спрашивай, я помогу.
Единственно, что сейчас конкретно могу посоветовать - разработай в ручных операциях типовую, под себя. В ручной операции - строка Типовая операция - входишь в список - копируешь продажную операцию, в ней (новой) меняешь под себя, добавляешь, убираешь на вкладках БУ и НУ - сохраняешь - используешь - формируешь проводки (кнопка есть справа).

Вы только не смотрите на себя в зеркало – ослепнете (с)

У мну еще вопрос по ОС. Так как у нас две системы ОСН и ЕНВД, то некоторые ОС делятся в %-ном отношении (ЕНВД и не ЕНВД) в зависимости от выручки. А здания, в которых находятся аптеки делятся аж в три кактегоии - ЕНВД, не ЕНВД и расперделяемая часть. Как правильно ввести остатки в восьмерку по этим зданиям, что бы налог на имущество считался верно. У нас не совпадает, приходится в эксель вести таблицу.

Не поняла - там, где нет штриха и оплата по безналу, вы что, вообще не делаете реализацию?

ОС - ну с амортизацией понятно, если ОС используется в деятельности ЕНВД, то надо установить в настройках "Способы отражения расходов по амортизации" отнесение на ваш счет затрат (20, 26, 44) по субконто "ЕНВД (Расходы относятся к деятельности, облагаемой ЕНВД)", тогда для ОСН всё будет верно.
Теперь про 01 счет (для налога на имущество). У меня было также с использованием дополнительного расчета в эксель. Для удобства все ОС были в справочнике 1С разнесены по трем папкам (ОСН, ЕНВД и распределяемая), названия другие, конечно, были. Единственно что могу от себя добавить, с налоговой придется спорить по распределяемым ОС, так как показатель выручки тут почти неприменим, а фактически не всегда была возможность разделить торговую площадь (ни перегородок, ни ещё чего-то подобного), так что по таким ОС я предпочитала налог на имущество начислять и платить. Во избежание. Можно у тебя попробовать здание поставить к учёту двумя частями (пропорционально не выручке, а площади, но только в том случае, если можно эту площадь раздельно показать-доказать, помещение там, или этаж целый, или кабинет - что-то только ОСН, что-то только ЕНВД).

Из законодательства -
Общие рекомендации.
1. Если у вас есть возможность разделить площадь фактически, вы в состоянии подтвердить факт использования конкретной площади только для одного вида деятельности и вы решите ее распределять, то в такой ситуации нужно быть готовым к конфликту с налоговыми органами. Доказательствами в этом случае могут служить такие документы, как протокол осмотра помещения, составленный налоговыми органами, либо заключение независимого эксперта, подтверждающее установку перегородки (другого разделителя), схемы помещения и т.п.
2. Если ваша площадь не может быть физически разделена, но вы все же решите ее распределять, то ваша задача усложняется. Поскольку вам все равно придется доказывать, что для "вмененной" деятельности вы фактически используете только часть площади и для расчета ЕНВД учитываете размер только этой части.
3. В связи с выходом Постановления Президиума ВАС РФ от 20.10.2009 N 9757/09 суды вряд ли будут оправдывать распределение физического показателя пропорционально выручке в тех случаях, когда площадь фактически не разделена. Поэтому считаем, что менее рискованно распределять физический показатель исходя из фактического соотношения площади, используемой для соответствующих видов деятельности. Однако в любом случае выбирать метод распределения рекомендуем с учетом судебной практики, сложившейся в вашем округе.

Вы только не смотрите на себя в зеркало – ослепнете (с)

Про возврат. Я с наценкой не работала, помнишь, писала уже. А по остальным возвратам проблем не было. Если в результате у тебя получается верная сумма, то, может, оставить всё, как есть? И хрен бы с ним с 91-м счётом ))). Ща попробую в программе поиграЦЦо...

Вы только не смотрите на себя в зеркало – ослепнете (с)